Kebun Raya memiliki peran penting dalam kegiatan konservasi tumbuhan, sehingga proses pencatatan dan pengelolaan data tumbuhan koleksi perlu dilakukan secara terstruktur. Namun, proses pencatatan dan penentuan prioritas bibit siap tanam yang akan ditanam atau dikonservasi masih dapat mengalami kendala apabila dilakukan secara manual. Penelitian ini bertujuan untuk merancang dan membangun aplikasi pencatatan dan manajemen record tumbuhan koleksi berbasis website serta menerapkan Sistem Pendukung Keputusan menggunakan metode PROMETHEE II dalam menentukan prioritas bibit siap tanam untuk ditanam di Kebun Raya Bundayati Bulungan. Metode pengembangan sistem yang digunakan adalah Waterfall, yang terdiri dari tahapan analisis kebutuhan, desain, implementasi, pengujian, dan pemeliharaan. Sistem yang dibangun menyediakan fitur pengelolaan data penerimaan material tumbuhan, penyemaian material tumbuhan, inspeksi bibit, evaluasi bibit, pengelolaan kriteria, bobot, serta perangkingan prioritas bibit siap tanam. Metode PROMETHEE II diterapkan melalui tahapan perhitungan deviasi, nilai preferensi, indeks preferensi, leaving flow, entering flow, dan net flow untuk menghasilkan ranking alternatif bibit siap tanam. Hasil penelitian menunjukkan bahwa sistem mampu menghasilkan rekomendasi prioritas bibit siap tanam secara objektif dan sistematis berdasarkan kriteria dan bobot yang telah ditentukan oleh ahli. Berdasarkan hasil pengujian Black Box, UAT, SUS, dan validasi ahli, sistem dinilai berjalan sesuai kebutuhan dan dapat digunakan sebagai alat bantu dalam proses pengambilan keputusan pengelola Kebun Raya.