Sistem pemantauan hidroponik Internet of Things (IoT) umumnya bergantung pada cloud pihak ketiga tanpa evaluasi kinerja objektif. Untuk mengatasi masalah tersebut, penelitian ini bertujuan mengimplementasikan sistem pemantauan kualitas air hidroponik bayam berbasis Virtual Private Server (VPS) mandiri menggunakan mikrokontroler ESP32 dan algoritma Rule-Based. Metode yang digunakan meliputi evaluasi komparatif kinerja protokol HTTP, MQTT, dan WebSocket menggunakan Wireshark berdasarkan standar QoS TIPHON (throughput, delay, packet loss, jitter). Selain itu, reliabilitas server diuji menggunakan Apache JMeter dan Soak Testing berdasarkan standar ISO/IEC 25010:2023, serta kelayakan antarmuka dievaluasi melalui User Acceptance Test (UAT). Hasil penelitian menunjukkan MQTT memiliki throughput 526,43 bps dan delay 178,36 ms, HTTP mencapai 10.110,19 bps dan 572,75 ms, sedangkan WebSocket 1.655,64 bps dan 188,90 ms, dengan seluruh protokol mencatat packet loss 0% (kategori "Sangat Bagus"). Server terbukti stabil tanpa memory leak dengan utilisasi CPU 1,78% selama 6 jam, algoritma Rule-Based mencapai akurasi 100%, dan keberhasilan UAT mencapai 100%. Kesimpulannya, MQTT direkomendasikan untuk transmisi data asinkron karena efisiensi bandwidth, sedangkan WebSocket unggul untuk pembaruan data real-time.