Dengan perkembangan teknologi saat ini, penggunaan multimedia dapat menambah sebuah fungsionalitas sebuah produk. Semenjak munculnya virus COVID-19, seluruh kegiatan harus dikerjakan secara daring termasuk proses belajar mengajar. Penggabungan antara teknologi terkini ke dalam aspek pendidikan merupakan inovasi yang dapat membantu siswa dalam proses belajar. Materi sistem saraf pusat merupakan materi yang cukup kompleks dan memerlukan pemahaman yang mendalam. Oleh karena itu pembuatan media pembelajaran untuk materi sistem saraf pusat berbasis simulasi 3D ini diharapkan membantu siswa dalam memahami materi ini. Dalam media pembelajaran ini terdapat fitur video pembelajaran berbasis animasi 3D, visualisasi model 3D organ sistem saraf pusat, dan animasi simulasi dari sebuah rangsangan. Pembuatan aplikasi media pembelajaran ini menggunakan aplikasi pengembang yaitu Unity untuk perangkat mobile dengan sistem operasi Android. Metode pengembangan aplikasi yang digunakan adalah metode pengembangan multimedia MDLC. Berdasarkan hasil pengujian yang dilakukan pada siswa kelas XI SMAN 3 Depok, didapatkan hasil bahwa aplikasi media pembelajaran ini dapat dijalankan pada perangkat siswa dengan sistem operasi Android. Aplikasi ini membantu siswa dalam memahami materi sistem saraf pusat ditunjukan dengan hasil kuesioner dan siswa mengalami kenaikan nilai rata-rata setelah diberikan pembelajaran dengan aplikasi. Fungsi-fungsi tombol dan fitur dalam aplikasi juga dapat berjalan dengan lancar sesuai dengan rancangan yang dibuat.